明朝狀元焦竑曾說，南京有三個有名的地方，牛首山以山有名，弘濟山以水有名，而兼有山水之勝的是棲霞山。今天人們只知道棲霞山以楓葉著名，但在歷史上，棲霞山的自然美景是泉、樹、巖，有山有水。

棲霞山的泉很多，名字大多起得很優雅。品外泉、白乳泉和珍珠泉在明代并列為棲霞山三大名泉。一進山門就可以看到的“彩虹明鏡”，是乾隆時就著一個泉眼挖出來的，由泉水聚集而成。

有好泉水，就可以泡出好茶。在歷史上，棲霞山以茶文化而著名。在白乳泉旁邊有試茶亭。唐代茶圣陸羽曾經到棲霞山采茶，有唐人皇甫冉《送陸鴻漸棲霞寺采茶詩》為證：“采茶非采菉，遠遠上層崖。布葉春風暖，盈筐白日斜。舊知山寺路，時宿野人家。借問王孫草，何時泛碗花。”可見，棲霞山的茶文化至少可以追蹤到中唐時代。

。南唐著名學者和書法家徐鉉的侄兒，就曾在山前開過茶館。乾隆年間編的《江南通志》里，也記載棲霞山的茶葉“味甘香”。好茶與好泉，為棲霞山的茶文化奠定了基礎。

棲霞山不止有楓樹。實際上，此山樹林茂密，有些樹長得很高很大，一看就知道樹齡很長。很多歷史文獻都提到，棲霞山有六朝松，據說是梁武帝親手種植的。直到清代康熙年間還有記載稱，有人在棲霞山遇到雷雨，看到這棵樹被雷擊中，劈掉了兩個樹干，但另外一枝還在。如今棲霞寺大殿前面還有很多銀杏樹。在清代記載中，有些銀杏樹“大到六七抱，高有十幾丈”，傳說也是六朝時種的古樹名木。

巖石是棲霞山的重要地理文化資源之一。天開巖在棲霞山中峰右邊，上面刻著“醒石”二字。旁邊還有一個禹王碑，傳說是大禹治水之后立的碑，上面刻的是岣嶁文，沒人能看得懂。棲霞山最早的禹王碑，是明代人翻刻的，字亦寫得稀奇古怪，現存的是后人重刻的。疊浪崖的巖石巨大，山石起伏，也是棲霞山的美景之一。

巖石中最重要的當然是千佛巖。這是江南唯一大規模的南朝石刻，也是真正的六朝文物。石刻洞窟中的飛天畫像，在佛教藝術史上是異常珍貴的遺產。

后來有很多文人學者在千佛巖的石窟中題詩留刻，如唐代文學家沈傳師、南唐書法家徐鉉徐鍇兄弟、北宋著名學者張稚圭，還有民國著名學者黃侃等。